Vị trí địa lý:

Bảo Toàn là xã miền núi nằm ở phía tây nam của huyện Bảo Lạc. Xã cách trung tâm huyện Bảo Lạc 10 km dọc theo quốc lộ 34, có dòng sông Gâm chảy qua địa phận xã. Phía Bắc giáp với xã Cốc Pàng, phía Đông giáp xã Thượng Hà và xã Hồng Trị, phía Nam giáp xã xã Hồng Trị và xã Vĩnh Quang huyện Bảo Lâm, phía Tây giáp xã Lý Bôn; xã Đức Hạnh huyện Bảo Lâm.

Diện tích, dân cư, giao thông:

Tổng diện tích tự nhiên: 6.570,83 ha; Dân số của xã tính đến năm 2022 là: 3.028 người; trong đó, có 5 dân tộc cùng sinh sống gồm : Tày, Nùng, Mông, Dao và Sán Chỉ.

Địa hình:

Là xã miền núi địa hình ở đây chủ yếu là đồi, núi cao xen kẽ là những thung lũng có thể sử dụng vào mục đích sản xuất nông nghiệp, đa số đồi núi là đất lâm nghiệp.

Do địa hinh miền núi phức tạp gây khó khăn đến khả năng sử dụng đất cho mục đích sản xuất nông lâm nghiệp như hạn hán, úng lụt cục bộ, cơ giới hóa sản xuất nông nghiệp, cải tạo đồng ruộng, khó khăn trong việc bố trí và xây dựng các công trình kiến trúc và hạ tầng kỹ thuật.

Khí hậu

Xã Bảo Toàn nằm trong tiểu vùng khí hậu nhiệt đới. Khí hậu chia thành 2 mùa rõ rệt.

Mùa khô: Mùa Đông lạnh và khô kéo dài từ tháng 10 năm trước đến tháng 4 năm sau thường lạnh, ít mưa, nhiều sương muối ảnh hưởng đến sinh hoạt và sản xuất, các tháng giá rét thường kéo dài từ tháng 12 đến tháng 2 năm sau lượng mưa trung bình 20-40mm, thấp nhất từ 10-20mm, nhiệt độ trung bình từ 8 ⁰c - 15⁰c.

Mùa Mưa: Mùa hè nóng ẩm từ tháng 4 đến tháng 9 thường nóng và mưa nhiều. Nhiệt độ trung bình những tháng giữa các mùa dao động khoảng 5⁰c - 6⁰c, lượng mưa trung bình mùa mưa là 200-250mm. Nhiệt độ trung bình từ 20 ⁰c - 24⁰c.

Thủy văn:

Xã Bảo Toàn có Sông Gâm chảy qua, ngoài ra còn nhiều suối và khe lạch nhỏ. Nguồn nước phục vụ sinh hoạt và sản xuất chủ yếu khai thác từ 2 nguồn nước mặt và nước ngầm:

Nguồn nước mặt toàn xã có 95,39ha đất sông suối và mặt nước chuyên dùng, ngoài ra còn có các mỏ cấp nước sinh hoạt, sản xuất.

Tài nguyên rừng, thảm thực vật và động vật:

Diện tích đất lâm nghiệp 5045,25ha, 100% là rừng sản xuất chủ yếu trồng các cây có thế mạnh của xã phù hợp thổ nhưỡng khí hậu và đầu ra sản phẩm như Quế, hồi...

Hệ động vật rừng của xã đang dần được phục hồi, độ che phủ rừng ngày càng cao, tuy nhiên hệ sinh thái là rừng tự nhiên chưa đem lại hiệu quả kinh tế, cần định hướng trồng rừng cây có giá trị kinh tế và chuyển đất chưa sử dụng sang  trồng rừng.

Tài nguyên nước:

Bảo Toàn có Sông Gâm chảy qua địa phận xã, ngoài ra có nhiều suối và khe lạch nhỏ. Nguồn nước phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt cua nhân dân trong xã được khai thác từ hai nguồn nước mặt và nước ngầm, cụ thể:

Nguồn nước mặt: Bảo toàn có 95,39 ha đất sông suối và nước mặt chuyên dùng. Ngoài ra còn có các đập thủy lợi, các mỏ nước cấp nước sinh hoạt, sản xuất

Nguồn nước ngầm: Nguồn nước ngầm hiện tại chưa khảo sát đầy đủ, sogn trong thực tế nhiều khu vực có thể khai thác được nước ngầm để đưa vào phục vụ cho đời sống của nhân dân trong vùng (Giếng đào, giếng khoan)